UNISSULA merupakan perguruan tinggi Islam swasta (PTIS) paling tua di wilayah Jawa Tengah yang telah berpengalaman menyelenggarakan pendidikan tinggi lebih dari setengah abad. Hal ini dibuktikan dengan jumlah mahasiswa sekitar 17.000 dan jumlah alumni lebih dari 30.000. Perguruan Islam ini beroperasi di bawah pengelolaan Yayasan Badan Wakaf Sultan Agung (YBWSA) yang memiliki capaian institusi akreditasi A serta dengan fasilitas pendidikan dan pembelajaran yang representatif.

Hingga saat ini, UNISSULA memiliki 12 Fakultas dengan 29 Program Studi, 9 Program Magister (S2) dan 3 Program Doktor (S3). Salah satu di antara Program Magister tersebut adalah Magister Pendidikan Agama Islam (MPAI) yang diselenggarakan berdasarkan keputusan Direktur Jenderal Islam Kementerian Agama Republik Indonesia Nomor: Dj.I/185/2010. Dan sejak tanggal 9 Juni 2020, Magister Pendidikan Agama Islam terakreditasi B oleh BAN-PT berdasarkan SK No. 3413/SK/BAN-PT/Akred/M/VI/2020.